Python生物信息从入门到进阶研讨会【12月2-4日】

Python生物信息从入门到进阶研讨会

minor-fareast;mso-bidi-font-family:宋体;mso-bidi-theme-font:minor-fareast;color:red;background:white;mso-font-kerning:0pt;mso-bidi-language:AR;">2022

white;mso-font-kerning:0pt;mso-bidi-language:AR;">年12月2-4日腾讯会议网络会议室

宋体;letter-spacing:.6pt;background:white;">

【课程背景】

Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁，具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库，以及生物信息学专用的Biopython，为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习，来处理实验数据、制作图表。

【课程特色】

1. 本课程覆盖python基础知识，通过atom程序编辑软件进行python程序写作。

2. Deep learning,决策树，支持向量机，神经网络

3. Github程序库介绍，Git使用下载、上传、协作软件编辑，

4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍

5. 本课程手把手，实操性强，有全程屏幕录制视频课后发给学员，组群学员微信群便于学员与讲师互动交流

宋体;mso-ascii-theme-font:minor-fareast;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:

minor-fareast;mso-hansi-theme-font:minor-fareast;mso-bidi-font-family:宋体;mso-bidi-theme-font:minor-fareast;background:white;mso-font-kerning:0pt;mso-bidi-language:AR;">

【讲师背景】

专家，博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位，08年获美国东北大学物理化学硕士学位，13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位，13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature

Communications,EMBO reports，ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。

【主要内容】

详细内容见课表

Git软件使用、Python编程详解

【学习目标】

通过学习，让学员掌握：Git、Atom的基本使用、python数据结构；python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug；python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍；通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍，人工智能训练线性及卷积神经网络。

培训时间：2022年12月2-4日，1日晚上有预备课。

培训地点：腾讯会议

地点：腾讯会议网络会议室

主办方：上海循掘生物科技中心

收费标准：

3800元/人，注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。

优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元

6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）

参加复听的学员，每人只需交600元费用（可以这次一起向单位多申请600元）

付款方式：

A：银行转账

账户名称：上海循掘生物科技中心账户号：1001064709100016561

开户行：中国工商银行上海市永泰路支行

B：支付宝转账

收款人：[email protected] 户名:金永红

C：公务卡微信支付

报名方式：

以下为详细日程：

Python学习班课程安排

107%;font-family:宋体;mso-ascii-font-family:Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">日期

107%;font-family:宋体;mso-ascii-font-family:Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">时间

107%;font-family:宋体;mso-ascii-font-family:Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">主要内容

107%;font-family:宋体;mso-ascii-font-family:Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">详细内容

107%;font-family:宋体;mso-ascii-font-family:Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">备课

19:00-20:30

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件安装

Git

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、Atom

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、

10.5pt;line-height:107%;">Python

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">安装

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第一天上午

9:00-10:30

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">计算机语言基本介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">计算机语言介绍、不同语言比较、Python

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">的优缺点、Github

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">程序的组织与写作、Git

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">基本数学计算、变量、字符、文字

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">交互式输入与输出、上载与下载文件

10:30-10:45

10:45-12:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">计算机语言数据结构与逻辑教学

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">交互式输入与输出、上载与下载文件

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">循环与逻辑

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数据结构：序列和字典

12:00-13:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">午休时间

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第一天下午

13:00-15:30

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">编程基本讲解与Python

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包教学

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">面向对象编程

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">模块、类与对象

Python

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包，如何制作并使用

Debugging

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、自测试

15:30-15:45

15:45-18:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">基本程序写作及网络数据挖掘写作

Python

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">统计计算，均值、方差、t

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">统计、p

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">值、

10.5pt;line-height:107%;">pdf

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">和cdf

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">统计分布图

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">基本网络数据挖掘写作

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第二天上午

9:00-10:30

Matplotlin

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包及实操（一）

Matplotlin

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">现状图、柱形图、散点图、

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">轮廓图、图像保存

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">一般图像的输入、输出

10:30-10:45

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">休息

10:45-12:00

Matplotlin

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包及实操（二）

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">矩阵基础、数字图像是什么？

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">基本图像数字处理、平移、缩放、旋转

Affine

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">转化、图像切割、多图绘制

12:00-13:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">午休时间

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第二天下午及晚上

13:00-15:30

Numpy

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍及实操（一）

Numpy

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍、数组属性

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">创建数组、数值性质、切片索引

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">高级索引

15:30-15:45

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">休息

15:45-18:00

Numpy

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍及实操（二）

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">广播、数组迭代

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数组操作、位运算、字符串函数

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数学函数、统计函数、基础统计介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">矩阵库、线性代数运算

18:00-19:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">晚饭及休息时间

19:00-22:00

mxnet

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍及实操

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">线性神经网络、softmax

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">回归

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">图像分类MNIST

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">多层感知机

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">深度学习计算，卷积神经网络

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第三天上午

9:00-10:30

Pandas

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍及实操

Pandas

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">全基因组sgRNA

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数据的分析、sgRNA

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">序列提取、GC

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">含量、sgRNA

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">位置信息提取、sgRNA

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">序列比对

10:30-10:45

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">休息

10:45-12:00

Biophython

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍及实操

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">基因序列管理、比对

DNA

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">序列转录、翻译

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">多序列比对、序列输入输出

Nibabel

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包及实操

Nibabel

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">磁共振MRI

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数据读取

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">磁共振MRI

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数据读取

12:00-13:00

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">午休时间

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">第三天下午

13:00-15:00

Scikit learn

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">软件包及实操

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">线性回归

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">分类、无监督

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">数据降维、数据预处理、PCA

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、

10.5pt;line-height:107%;">K-means

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、支持向量机SVM

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">、决策树

15:00-15:15

15:15-17:00

Tensorflow

minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">深度学习介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN

LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">网络介绍与应用

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">图网络与超图网络介绍

Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">备注：务必自带电脑，要求windows

Calibri;mso-ascii-theme-font:minor-latin;mso-fareast-font-family:宋体;mso-fareast-theme-font:minor-fareast;mso-hansi-font-family:Calibri;mso-hansi-theme-font:minor-latin;">系统，有大于50G

医药加金牌学习班特色：

医药加金牌学习班自2017年1月正式开办以来，已经成功举办了千余期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。

学习班教学宗旨：

教得多，讲得精，学得会，用得上。

讲师团队：

医药加金牌学习班所有讲师都来自于科研一线，博士以上学历，高级职称，具有丰富的实战经验和讲课经验，保障了学习班的内容的实用性、趣味性。

课程内容：

课程内容为讲师亲自设计，以科研工作者切身需求为出发点，将课程方向与当前热点完美结合。全程纯干货、无套路。

课堂效果：

小班制教学，讲师面对面授课，互动性强，答疑时间充足，有问题现场解决。上课PPT完全拷给学员。

课后保障：

组建长期微信群，讲师与学员可长期互动。也方便学员之间联系，进行横向合作。了解最新课程安排。

实际效果：

很多上过学习班学员，已经反馈成功发表文章，基金中标。

2022年医药加精品学习班直播档期

（支付学费可先领取全程视频，再参加一次腾讯会议直播，每月都轮回排班）

10月15日-16日	计算机辅助药物设计（分子对接）网络学习班	腾讯会议+视频回放
10月15日-16日	医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术精讲班	腾讯会议+视频回放
10月4日-7日	临床预测模型构建与论文撰写—从入门到精通实战训练营	腾讯会议+视频回放
10月21日-23日	多组学数据分析整合挖掘两天两晚精讲班	腾讯会议+视频回放
10月22日-23日	基因编辑技术与动物模型构建精讲班	腾讯会议+视频回放
10月22日-23日	国自然，两天一夜	腾讯会议+视频回放
10月29日-30日	单细胞及空间转录组课题设计与数据分析培训	腾讯会议+视频回放
10月29日	宏基因组与代谢组学R语言分析及可视化实操班	腾讯会议+视频回放
11月5日-6日	肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班	腾讯会议+视频回放
11月5日-6日	R语言生信数据分析及可视化作图网络研讨会	腾讯会议+视频回放
11月12日-13日	循证医学Meta分析及网状Meta分析精讲班	讯会议+视频回放
11月26日-27日	高级科研作图班	讯会议+视频回放
11月18日-20日	TCGA、GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班	讯会议+视频回放